Cụ thể, Tổng cục Hải quan hướng dẫn việc giám sát hải quan đối với hàng hóa XNK vận chuyển bằng đường biển, đường hàng không (bao gồm cả kho hàng không kéo dài), đối với trường hợp đã có hệ thống thông tin giám sát hải quan kết nối với DN kinh doanh kho, bãi, cảng sẽ thực hiện theo quy định tại Điều 52 Thông tư số 38/2015/TT-BTC.
Riêng đối với việc giám sát hải quan đối với hàng hóa XNK vận chuyển qua khu vực cửa khẩu đường bộ, đường sông, đường thủy nội địa, ga đường sắt liên vận quốc tế; đường biển, đường hàng không; kho hàng không kéo dài, trường hợp chưa có hệ thống kết nối với DN kinh doanh kho, bãi, cảng…, cơ quan Hải quan căn cứ Danh sách container hoặc Danh sách hàng hóa hoặc Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển in từ Hệ thống khai hải quan hoặc cổng thông tin điện tử hải quan (địa chỉ: www.customs.gov.vn) hoặc Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan do người khai hải quan; hoặc hãng tàu, đại lý hãng tàu trong trường hợp hãng tàu, đại lý hãng tàu thay mặt người khai hải quan xuất trình (đối với hàng hóa XK), công chức giám sát sử dụng thiết bị đọc mã vạch hoặc nhập thông tin số tờ khai trên Hệ thống (trường hợp chưa được trang bị máy đọc mã vạch) để kiểm tra trạng thái tờ khai và lượng hàng trên tờ khai.
Đối với Chi cục Hải quan đã được trang bị thiết bị đọc mã vạch, công chức giám sát sử dụng thiết bị đọc mã vạch kiểm tra lần lượt từng vạch in trên Danh sách container để kiểm tra, đối chiếu thông tin số hiệu container, số lượng container trên Hệ thống với Danh sách container và đối chiếu với thực tế hàng hóa qua khu vực giám sát.
Trường hợp chưa được trang bị thiết bị đọc mã vạch, công chức giám sát nhập số tờ khai hải quan vào Hệ thống để hiển thị các thông tin về số hiệu container, số lượng container để kiểm tra, đối chiếu thông tin.
Bên cạnh đó, Tổng cục cũng hướng dẫn việc xử lý kết quả kiểm tra, nếu kết quả kiểm tra phù hợp, cơ quan Hải quan thực hiện niêm phong và lập Biên bản bàn giao (nếu có), đồng thời xác nhận hàng đã qua khu vực giám sát hải quan trên Hệ thống. Trường hợp sử dụng máy đọc mã vạch để kiểm tra từng container trên danh sách container, Hệ thống tự động xác nhận hàng qua khu vực giám sát. Trường hợp khác, công chức hải quan xác nhận trên hệ thống e-Customs.
CBCC Hải quan ký tên, đóng dấu công chức, ghi ngày, tháng, năm trên Danh sách container, Danh sách hàng hóa (xác nhận từng container hoặc từng lần đưa hàng qua khu vực giám sát theo đúng hướng dẫn chi tiết tại mẫu số 29/DSCT/GSQL và 30/DSHH/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư số 38/2015/TT-BTC), Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển giao cho người khai hải quan hoặc hãng tàu, đại lý hãng tàu trong trường hợp hãng tàu, đại lý hãng tàu thay mặt người khai hải quan xuất trình (đối với hàng hóa xuất khẩu) để xuất trình cho DN kinh doanh kho, bãi, cảng khi đưa hàng hóa qua khu vực giám sát hoặc xếp hàng lên phương tiện vận tải xuất khẩu.
Trường hợp Chi cục Hải quan quản lý kho, bãi, cảng đã kết nối với hệ thống thông tin quản lý hàng hóa của DN kinh doanh kho, bãi, cảng (như hệ thống TOPX tại cảng Cát Lái), công chức hải quan sử dụng phần mềm công nghệ để thông báo cho DN kinh doanh kho, bãi, cảng thông tin về số hiệu, số lượng container được phép xếp lên phương tiện vận tải để XK hoặc được phép đưa hàng NK ra khỏi khu vực giám sát.
Nếu kết quả kiểm tra không phù hợp (các thông tin trên danh sách container không phù hợp với thông tin trên mã vạch), nếu đã đọc mã vạch từng container, công chức hải quan thực hiện hủy xác nhận trên Hệ thống, đồng thời báo cáo lãnh đạo Chi cục Hải quan xác minh làm rõ và xử lý theo quy định (nếu có vi phạm), đồng thời thông báo cho DN kinh doanh kho, bãi, cảng không cho phép hàng qua khu vực giám sát hoặc xếp hàng lên phương tiện vận tải.