Theo Tổng cục Hải quan, tại điểm a, khoản 1, Điều 49 Thông tư số 38/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định: "Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp (bao gồm cả thuế GTGT đã nộp đối với hàng hóa đã nhập khẩu nhưng tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan; hàng hóa đã xuất khẩu nhưng nhập khẩu trở lại Việt Nam;

Hàng hóa nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu đã nộp thuế GTGT theo quy định, sau đó đã thực tế xuất khẩu sản phẩm) đối với từng loại thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày nộp tiền vào NSNN thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ, kể cả việc bù trừ giữa các loại thuế với nhau;

Hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo; hoặc hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; trừ trường hợp không được miễn xử phạt do đã thực hiện quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế của cơ quan quản lý thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại khoản 2 Điều 111 Luật Quản lý thuế."

Do đó, đối với số tiền thuế NK và thuế GTGT còn thừa sau khi điều chỉnh của 2 tờ khai đã hủy số 10007589046, 10007593983, DN có thể bù trừ số tiền nêu trên để nộp thuế cho tờ khai tiếp theo hoặc đề nghị hoàn trả theo quy định.

Trường hợp DN chưa kê khai, khấu trừ với cơ quan thuế và đề nghị hoàn khoản thuế nộp thừa nêu trên, thì thủ tục đề nghị hoàn thuế theo quy định tại Khoản 2 Điều 29 Nghị định 83/2013/NĐ-CP của Chính phủ về việc quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế; khoản 3 Điều 49, Điều 132 Thông tư số 38/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Theo đó, Công ty cổ phần thiết bị Tân Phát liên hệ với cơ quan Thuế, cơ quan Hải quan có liên quan để được giải quyết cụ thể.